Chemie-Information-Computer

FIZ CHEMIE Berlin Preise 2011

2011-10-21T08:28:00.002-07:00

Die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) zeichnet auch in diesem Jahr zwei Nachwuchswissenschaftler im Rahmen der 7. German Conference on Chemoinformatics (GCC2011) mit den FIZ CHEMIE Berlin-Preisen aus. Der Preis wird jeweils für eine hervorragende Dissertation und Diplomarbeit vergeben, deren Themen eines der in der CIC vertretenen wissenschaftlichen Fachgebiete berühren und eine besondere Leistung für die Weiterentwicklung des Fachgebietes darstellen. Beide Preisträger werden ihre Arbeiten in Goslar auf der GCC2011 vorstellen.

Dr. Volker Dirk Hähnke, 1981 in Frankfurt am Main geboren, studierte Bioinformatik an der Universität Frankfurt. 2007 erwarb er sein Diplom am Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie der Universität Frankfurt und fertigte dort anschließend seine Doktorarbeit in der Arbeitsgruppe von Prof. Gisbert Schneider an, die er nach dem Umzug des Arbeitskreises an der ETH Zürich finalisierte.

Der Titel seiner prämierten Arbeit lautet: "Text-Based Similarity Searching for Hit- and Lead-Candidate Identification". Hähnke entwickelte eine PhAST (Pharmacophore Alignmente Search Tool) genannte Methode, die es erstmalig ermöglicht, Anwendungen der bioinformativen Sequenzanalyse für die Suche bioaktiver Moleküle anzuwenden. Zurzeit ist Hähnke Postdoktorand am National Institute of Health, Bethesda, USA.

Daniel Moser, 1985 in Stuttgart geboren, studierte Bioinformatik an der Universität Frankfurt und fertigte seine Arbeit im Institut für Pharmazeutische Chemie an, wo er derzeit in der Arbeitsgruppe von Jun. Prof. Eugen Proschak promoviert.

Der Titel seiner ausgezeichneten Diplomarbeit lautet: "Automatische Extraktion von 3-D Pharmacophoren". Moser entwickelte ein rechnergestütztes Verfahren, das das Auffinden dualer Liganden in großen Substanzbibliotheken erlaubt und überprüfte die Softwareimplementierung experimentell.

7. German Conference on Chemoinformatics

2011-10-09T12:07:00.001-07:00

In weniger als einem Monat (6-8. November 2011) veranstaltet die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC, http://www.gdch.de/cic) in Goslar zum nunmehr siebten mal die German Conference on Chemoinformatics (GCC2011, http://www.gdch.de/gcc2011).

Mit dieser Veranstaltung feiert die CIC auch das 25-jährige Bestehen des CIC-Workshops, aus dem die internationale Konferenz hervorgegangen ist. Das diesjährige Programm wurde daher entsprechend erweitert, um dieses wichtige Ereignis entsprechend zu würdigen. Neben dem üblichen Ablauf wird die Konferenz dieses Jahr im Rahmen eines Social Events im Erzminenmuseum "Rammelsberg" in Goslar eröffnet. Nach der feierlichen Eröffnung inklusive Essen wird Johann Gasteiger einen Vortrag mit dem Titel "25 Years of CIC - Achievements and Future Goals" halten. Danach erfolgt der Rücktransport zum Konferenzhotel "Der Achtermann", wo dann im Verlauf der folgenden 2 Tage das wissenschaftliche Programm gehalten wird. Im Verlauf des Programms wird sich auch Herbert Köppen (ehemaliger Gruppenleiter Computational Chemistry bei Boehringer Ingelheim) in seinem Vortrag "Computational Chemistry in Pharmaceutical Research - Where Do We stand after 25 Years?" thematisch mit dem Jubiläum auseinandersetzen. Als finalen Höhepunkt der Feierlichkeiten endet die Konferenz am Dienstag Abend mit einem Konferenzdinner und einem Abendvortrag. Dieser Vortrag soll ein besonderes Highlight der Konferenz werden und der Name des Vortragenden bleibt bis zum Schluss geheim - nur soviel: Er ist vom MIT.

Neben dem Workshop-Jubiläum, wird sich das internationale Event wieder den 4 Themenschwerpunkten "Chemoinformatics and Drug Discovery", "Computational Material Science", "Chemical Information, Patents and Databases", sowie "Molecular Modelling" widmen. Eingeladene Plenarsprecher in den entsprechenden Sessions sind: Johann Gatseiger (Erlangen), Oliver Kohlbacher (Tübingen), Herbert Köppen (Ingelheim), Eva Rauls (Paderborn), Colin Groom (Cambridge), Colin Batchelor (Cambridge) und Xavier Barril (Barcelona).

Im Vorfeld der Konferenz werden wieder eine Free-Software-Session sowie Pre-Conference Workshops stattfinden. Im diesen Jahr werden in der Free-Software-Session die OpenSource-Projekte Knime, ParaDockS, DebiChem und Travis vorgestellt. Im Rahmen des Chemoinformatics Marketplace werden die Firmen Chemical Computing Group, Tripos und Xemistry jeweils einen Workshop organisieren.

Auch in diesem Jahr werden im Rahmen der GCC wieder junge Nachwuchswissenschaftler von der CIC mit dem FIZ CHEMIE Berlin Preis ausgezeichnet. Der Preis für die beste Dissertation geht dabei an Volker Hähnke aus der Arbeitsgruppe von Gisbert Schneider und der Preis für die beste Diplomarbeit wird an Daniel Moser aus der Arbeitsgruppe von Eugen Proschak vergeben. Beide Preisträger werden ihre Arbeiten im Rahen von Vorträgen vorstellen.

Im Anschluß an die Vorträge schließt sich wieder die Postersession an, zu der Bier und Brezel gerreicht werden. Die Postersession wird vom Journal of Cheminformatics gesponsort, in dem auch wieder die Abstracts der GCC2011 als Proceedings veröffentlicht werden. Der Rest des Abends steht dann zur freien Verfügung. Die besten 3 Poster werden am Dienstag dann mit Buchpreisen ausgezeichnet (Danke an Wiley-VCH).

Die Konferenz wird wie gewohnt von einer Ausstellung begleitet, in der Firmen ihre neusten Softwareprodukte zum Thema vorstellen werden.

Ich hoffe, dass das wissenschaftliche Programm (PDF, Online) ansprechend ist und das viele wieder den Weg nach Goslar finden werden.

GDCh: Neue Webseiten und Social Media

2011-10-01T11:38:00.000-07:00

Die GDCh hat pünktlich zum Wissenschaftsforum 2011 ihre neuen Webseiten veröffentlicht. Die "alten" Webseiten waren nicht mehr ganz auf der Höhe der heutigen Webstandards. Die neue Webpräsenz basiert auf einem modernen Content-Management-System und zeigt ein modernes 3-Spalten-Layout, welches heutigen Widescreen-TFT-Screens entgegenkommt.

Als Beispielseite ist hier die Konferenzseite der 7. German Conference on Chemoinformatics gezeigt. Wichtige Kurzinfos wie Links, Deadlines oder die Ansprechpartnerin bei der GDCh-Tagungsabteilung sind nun schnell über die rechte Spalte einsehbar. Die linke Spalte enthält die Seitennavigation. Die Hauptinformation ist in der mittleren Spalte platziert und verfügt zusätzlich über Drop-Down-Panels, welche zur Übersicht beitragen.

Mit den neunen Webseiten ist die GDCh auch für die nächsten Jahre wieder gut gerüstet. Lediglich die Performance lässt derzeit noch zu wünschen. Dies wird sich mit Sicherheit aber noch in den nächsten Monaten verbessern lassen. Zudem sind noch nicht alle Unterseiten optimal an das neue System angepasst. So müssen auch noch auf der Webseite der Fachgruppe Chemie-Information-Computer Verbesserungen durchgeführt werden, um das neue Design optimal zu nutzen.

Die neuen Webseiten sehen Sie auf http://www.gdch.de

Neben der neuen Webpräsenz hat sich die GDCh auch mit dem Thema der sozialen Medien wie Facebook und Twitter beschäftigt. Fast alle großen Chemiefirmen haben ein oder mehrere solcher Medien und auch viele andere chemische Gesellschaften haben diese neuen Kommunikationskanäle bereits in ihre Öffentlichkeitsarbeit und Kommunikation integriert. Vorreiter ist hier die American Chemical Society.

Die GDCh prüft ihr Engagement auf diesem Gebiet derzeit im Rahmen einer "Social Media"-Kommission. Bereits jetzt zeichnet sich ab, dass die GDCh auf jedem Fall eine solche zusätzliche Präsenz insbesondere zur Kommunikation mit der jüngeren Generation benötigt. Allerdings ist das Ausmass und die Vielschichtigkeit einer solchen Initiative noch nicht gänzlich geklärt. Die Bedeutung dieser Medien ist insbesondere bei jungen Menschen enorm und hat hier herkömmliche Kommunikationsmittel wie Telefon, Handy, Messenger und Email mittlerweile vollständig ersetzt ("Auf einem Treffen der europäischen Chemie-Fachgruppenvorsitzenden wurde mir kürzlich mitgeteilt, dass es bereits Universitäten gibt, die Facebook dazu nutzen, um Kurse und Seminare zusammenzustellen und zu veröffentlichen, da dies die sicherste Methode wäre alle Studenten zu erreichen.") Es wäre daher für eine Gemeinschaft wie der GDCh, welche immer auch den Kontakt zur jüngeren Generation (insbesondere Jungchemikern) sucht, wenig ratsam diese Entwicklung zu ignorieren. Zu Testzwecken und zur Sammlung von Erfahrungen hat die GDCh das Wissenschaftsforum Chemie 2011 mit einem Twitter-Account (@GDCh_Wifo, http://twitter.com/#!/GDCh_Wifo) begleitet und kommentiert. Aufgrund der positiven Resonanz hat die GDCh nun auch einen "offiziellen" Twitter-Account (@GDCh_aktuell, http://twitter.com/#!/GDCh_aktuell) erstellt, unter dem laufend neue und interessante Informationen von und über die GDCh gezwitschert werden.

Die GDCh-Fachgruppe CIC betreibt bereits seit über einem Jahr erfolgreich einen eigenen Twitter-Account (@GDCh_CIC, http://twitter.com/#!/GDCh_CIC) und unterstützt ausdrücklich diese Initiative der GDCh. Zudem ist die Fachgruppe durch ihren Vorsitzenden auch in der "Social Media"-Kommission der GDCh vertreten hat sich bereiterklärt anderen Fachgruppen der GDCh beim Aufbau oder der Nutzung von eigenen"Social Media"-Präsenzen zu unterstützen.

FIZ CHEMIE Berlin Preise 2011 - Einsendung von Kandidatenvorschlägen

2011-06-14T13:09:00.000-07:00

Die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker ruft alle in den CIC-nahen Forschungsfeldern tätigen Arbeitsgruppenleiter und Professoren auf, geeignete Kandidaten (Masterarbeit, Doktorarbeit) für den FIZ CHEMIE Berlin-Preis an den Vorstand der Fachgruppe zu melden.

Der vom FIZ CHEMIE Berlin gesponserte Preis wird jährlich von der CIC für hervorragende Dissertationen und Diplom-/Masterarbeiten vergeben, die die in der GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) vertretenen wissenschaftlichen Gebiete berühren und eine besondere Leistung für die Weiterentwicklung des Fachgebietes CIC darstellen.

Der Preis verbindet sich mit einem Preisgeld von 500 € und 250 € (Doktor- bzw. Diplom-/Masterarbeit) sowie einer Urkunde, aus der die Verdienste des Preisträgers hervorgehen.
Die Preisverleihung erfolgt bei der jährlichen Conference on Chemoinformatics der Fachgruppe oder einer ähnlichen GDCh-Veranstaltung, bei der auch die preisgekrönte Arbeit in Form eines Vortrages oder Posters vorgestellt wird.

Vorschläge können von den Betreuern/innen der Doktorranden/innen bzw. Diplomanden/innen mit kurzer Begründung eingereicht werden, wenn die Dissertation bzw. Diplom-/Masterarbeit mit sehr gut bewertet wurde. Letztere sind in elektronischer Form (als pdf oder als CD) beizulegen, ggfs. auch in Form von Veröffentlichungen der CIC-relevanten Ergebnisse. Auch ein Lebenslauf wird erbeten.

Die Promotionsprüfung bzw. der Studiumabschluss darf zum Zeitpunkt der Antragstellung nicht mehr als ein Jahr zurückliegen.

Vorschläge können bis zum 31. Juli eines jeden Jahres bei der Geschäftsstelle der GDCh (siehe unten) eingereicht werden, die sie an den Vorsitzenden der GDCh-Fachgruppe CIC und die Jury weiterleitet.

Die Jury besteht aus mindestens zwei vom Vorstand der Fachgruppe CIC ernannten Mitgliedern und dem wissenschaftlich-technischen Geschäftsführer des FIZ CHEMIE Berlin. Eine Mitgliedschaft des/der jeweiligen Betreuers/in der vorgeschlagenen Arbeit in der Jury ist ausgeschlossen. Über die Verleihung des Preises entscheidet der Vorstand nach Kenntnisnahme des Berichtes der Jury mit absoluter Mehrheit aller amtierenden Vorstandsmitglieder.

Weitere Informationen, eine Liste aller bisherigen Preisträger und die genaue Anschrift für die Einreichung von Vorschlägen finden sich auf der Seite der GDCh: http://www.gdch.de/strukturen/fg/cic/cic_preise/fiz.htm

GCC2011 - Call For Paper

2011-05-17T13:26:00.000-07:00

Vom 6. - 8. November lädt die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer ihre Mitglieder und die internationale Computational Chemistry Community wieder nach Goslar zur 7. German Conference on Chemoinformatics (GCC2011) ein.

Die internationale Konferenz ging vor 7 Jahren aus dem bekannten CIC-Workshop hervor, welcher im internationalen Jahr der Chemie 2011 damit auch seinen 25-jährigen Geburtstag feiert. Die CIC möchte dies entsprechend feiern und hat daher ein paar entsprechende Ergänzungen am diesjährigen Programm der GCC durchgeführt. So wird die Eröffnung in diesem Jahr im Rahmen eines Social Events in der Erzmine Rammelsberg stattfinden. Johnny Gasteiger, der Begründer der CIC-Workshops, konnte als Gastredner für die Eröffnungsfeier gewonnen werden. Zudem endet die Konferenz am Dienstag Abend mit einem festlichen Gala-Dinner, welches durch einen Vortrag eines noch geheimen Gastredner vom MIT umrahmt wird.

Das wissenschaftliche Programm setzt sich in gewohnter Weise aus den Sessions

Chemoinformatics and Drug Discovery
Molecular Modelling
Computational Material Science
Chemical Information, Patents and Databases

zusammen. Die CIC lädt jedermann dazu ein, Vorträge und Poster für die genannten Felder ab sofort einzureichen. Natürlich könne auch Abstracts zu ähnlichen Forschungsfeldern aus dem Gebieten Modelling/Chemoinformatics eingereicht werden. Darüberhinaus können in diesem Jahr auch erstmals Bewerbungen für die Free-Software-Session online eingereicht werden. Der Einsendeschluss für die Vortragseinreichung ist der 1. August. Poster können noch bis zum 1. September eingereicht werden. Das Online-Formular zur Einreichung findet sich unter http://www.gdch.de/gcc2011

Auch in diesem Jahr konnten wieder internationale Sprecher aus Industrie und Akademie für die GCC als Plenarsprecher gewonnen werden:

Johann Gasteiger, Universität Erlange, DE
Oliver Kohlbacher, Universität Tübingen, DE
Herbert Koeppen, Boehringer Ingelheim, Biberach, DE
Eva Rauls, Universität Paderborn, DE
Colin Batchlor, RCS, London, UK
Xavier Barril, Universität Barcelona, ES
Colin Groom, CCDC, Cambridge, UK
Secret Special Guest from MIT

Die Einladung zur GCC (Call For Paper) kann auch als PDF von der Konferenzseite heruntergeladen werden: http://www.gdch.de/vas/tagungen/tg/5227_einladung.pdf

Happy Birthday - Der CIC-Workshop wird 25 Jahre alt

2011-05-17T12:00:00.000-07:00

Die Fachguppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh) feiert im Internationalen Jahr der Chemie 2011 das 25-jährige Bestehen des CIC-Workshops, welcher nun seit 7 Jahren als German Conference on Chemoinformatics ausgerichtet wird. Der erste Workshop fand 1986 in Hochfilzen statt. Dem ersten Workshop folgten weitere jährliche Treffen der CIC-Mitglieder in Hochfilzen, weshalb der Workshop auch bei "Alten Hasen" als Hochfilzen-Workshop in Erinnerung ist.

Das Jubiläum wird die CIC im Rahmen der kommenden 7. German Conference on Chemoinformatics (GCC2011) mit ihren Mitgliedern und anderen Wissenschaftlern aus der internationalen Computational Chemistry Community in Goslar feiern. Das Konferenzprogramm wurde dem Anlass entsprechend verändert. So findet die Konferenzeröffnung sowie der einleitende Abendvortrag im Rahmen eines speziellen Social Events in der Schlosserei des Bergbaumuseums Rammelsberg statt. Für das leibliche Wohl der Gäste ist natürlich gesorgt. Für den Abendvortrag konnte der Mitbegründer der CIC und Initiator der ersten Hochfilzen-Workshops Prof. Johann Gasteiger gewonnen werden.
Die Geburtstagsfeier endet am letzten Konferenztag mit einem festlichen Konferenz-Dinner (Menu) und einem begleitenden, festlichen Vortrag im Hotel "Der Achtermann". Für den Vortrag konnte die CIC ein ganz besonderer Sprecher gewinnen, dessen Identität aber erst in Goslar bekannt gegeben wird. Lassen wir uns überraschen...

ICCS-Programm veröffentlicht

2011-05-03T14:03:00.000-07:00

Das Programm zur diesjährigen International Conference on Chemical Structures wurde heute online (PDF) gestellt.
Die Veröffentlichung der entsprechenden Abstracts erfolgt in Kürze.
Im Folgenden die HTML-Version des technischen Programms:

Sunday June 5
12:00 - 18:00 Registration
15:00 - 17:00 Workshop: BioSolveIT
15:00 - 17:00 Workshop: Tripos
17:00 - 18:00 Break

18:00 - 18:15 ORG-1 : Welcome and Introduction
Keith Taylor, ICCS Program Chair
18:15 - 19:00 Opening Session - Keynote Address, CSA Trust Mike Lynch Award

19:00 - 20:00 Welcoming Reception - Atrium
20:00 - 22:00 Reception Dinner - Atrium

Monday June 6
8:30 - 14:30 Structure-Activity and Structure-Property Prediction
Michael Lajiness and Jordi Mestres, Presiding
8:30 -9:00 A-1 : Beyond filters: assessing ADMET risk for multi-objective drug development
Robert Daniel Clark, Simulations Plus, Inc.
9:00 - 9:30 A-2 : SeeSAR: See your Structure-Activity Relationships
Jos Lommerse, MSD
9:30 - 10:00 A-3 : Real World Application of Proteochemometric Modeling for the Design of Enzyme Inhibitors and Ligands of G-Protein Coupled Receptors
Gerard JP van Westen, Leiden University / LACDR
10:00 - 10:30 Break
10:30 - 11:00 A-4 : QSAR Workbench: Enabling best practices in large scale model building
Stephen D Pickett, GlaxoSmithKline
11:00 - 11:30 A-5 : Using AutoQSAR to select the most predictive modeling methods
Sarah Louise Aaron (Rodgers), AstraZeneca
11:30 - 12:00 A-6 : What should we make next?
Mark Mackey, Cresset BioMolecular Discovery Ltd
12:00 - 13:00 Lunch
13:00 - 13:30 A-7 : DrugscoreMaps – A graphical method for SAR analysis, active/inactive separation, binding mode analysis and docking pose evaluation using protein-ligand interaction fingerprints
Oliver Koch, Intervet Innovation GmbH
13:30 - 14:00 A-8 : Mining of Emerging Structural Patterns for Identification of Toxicophores
Richard J.Sherhod, University of Sheffield
14:00 - 14:30 A-9 : Which substructures are interesting?
Jeroen Kazius, Curios-IT

14:30 - 15:00 Break 14:30 -19:30 Exhibition and Posters – Atrium
Val Gillet, Presiding
15:00 - 17:00 Poster Presentations RED (authors present)
18:30 - 19:30 Reception - Atrium
19:30 - 21:30 Dinner - Atrium

Tuesday June 7
8:30 -12:00 Structure-Based Drug Design and Virtual Screening
Matthias Rarey, Presiding
8:30 - 9:00 B-1 : Global Free Energy Scoring Functions based on Distance-dependent Atom-type Pairs
Christian Kramer, Novartis Institutes for BioMedical Research
9:00 - 9:30 B-2 : Development and Validation of an in silico Scaffold Hopping Protocol for Identifying Novel Kinase Inhibitors
Sarah Rose Langdon, The Institute of Cancer Research
9:30 - 10:00 B-3 : Snooker: Target-focused library selection using structure based pharmacophores
Marijn Sanders, Radboud University Nijmegen
10:00 - 10:30 Break
10:30 - 11:00 B-4 : Cavity Knowledge Acceleration (CavKA) – Metamorphosis in Automatic Pharmacophore Elucidation
Florian Koelling, University of Technology Braunschweig
11:00 - 11:30 B-5 : 3D pharmacophore searching against ten trillion combinatorially accessible compounds
Qiang Zhang, Boehringer Ingelheim Pharmaceuticals, Inc.
11:30 - 12:00 B-6 : Learning from the best: utilizing knowledge-based protein validation scores in receptor-ligand complex prediction.
Sander B.Nabuurs, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics

12:00 - 12:00 Group Photo
12:00 - 13:00 Lunch

13:00 - 14:30 Integrated Chemical Information
Markus Wagener, Presiding
13:00 - 13:30 C-1 : Validation and characterization of chemical structures derived from names and images in scientific documents
John B Kinney, DuPont
13:30 - 14:00 C-2 : Chemical target prediction using semantic linked data
Bin Chen, Indiana University
14:00 - 14:30 C-3 : Global mapping of ligand and target binding spaces
Felix Alexander Krüger, European Bioinformatics Institute
14:30 - 15:00 Break

14:30 - 20:00 Exhibition and Posters – Atrium
Lothar Terfloth, Presiding
15:00 - 17:00 Poster Presentations - BLUE (authors present)
18:30 - 19:30 Reception
19:30 - 21:30 Dinner

Wednesday June 8
8:30 - 13:00 Analysis Of Large Chemistry Spaces
Pat Walters, Presiding
8:30 - 9:00 D-1 : Pharmacophoric space: do targets segregate?
Andrea Zaliani, Evolvus
9:00 - 9:30 D-2 : Extraction of Useful Bioisostere Replacements from the PDB
Tina Ritschel, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics, Radboud University Nijmegen Medical Centre
9:30 - 10:00 D-3 : PubChem3D: Diversity of Shape Space
Evan Bolton, U.S. National Center for Biotechnology Information (NCBI)
10:00 - 10:30 D-4 : Comparison and Visualization of Large Chemical Spaces using Unsupervised Classification Techniques
Alexander Böcker, Evotec AG
10:30 - 11:00 Break
11:00 - 11:30 D-5 : WizePairZ: Auto-Curation of Matched Molecular Pairs
David Wood, AstraZeneca
11:30 - 12:00 D-6 : Mining for context-sensitive matched molecular pairs and bioisosteric replacements in large corporate chemical databases
George Papadatos, Eli Lilly
12:00 - 12:30 D-7 : On the Exclusion of Unwanted Chemical Patterns from Large Fragment Spaces
Hans-Christian Ehrlich, University of Hamburg
12:30 - 13:00 D-8 : An analysis of fragment-spaces and their impact on fragment replacement
Geoff Skillman, OpenEye Scientific Software

13:00 - 13:00 Box Lunch
13:00 - 23:00 Excursion

Thursday June 9
7:30 - 8:30 Hotel Check-out

8:30 - 10:30 Cheminformatics
Keith Taylor, Presiding
8:30 - 9:00 E-2 - ARChem route designer: The application of automated retrosynthetic rule generation to synthesis planning
Anthony Peter Cook, University of Leeds
9:00 - 9:30 E-1 - De novo design of synthetically feasible compounds using reaction vectors and evolutionary multiobjective optimization
Benjamin Christopher Allen, University of Sheffield
9:30 - 10:00 E-3 : Improving metabolite identification with chemoinformatics
Julio E.Peironcely, Leiden University
10:00 - 10:30 E-4 - Efficient Matching of Multiple Chemical Subgraphs
Roger A Sayle, NextMove Software

10:30 - 11:00 Break and Hotel Check-out

11:00 - 13:00 Dealing with Biological Complexity
Peter Ertl, Presiding
11:00 - 11:30 F-1 - Targeting natural products for drug discovery by mining biomedical information resources
Eugene Muratov, University of North Carolina
11:30 - 12:00 F-2 : Identifying and quantifying drug promiscuity by correlating ligand and target shape similarities
Violeta Isabel Perez Nueno, INRIA Nancy – Grand Est (LORIA)
12:00 - 12:30 F-3 - A knowledge-based approach to assessing the target promiscuity of chemical fragments
Xavi Jalencas, Institut Municipal d'Investigació Mèdica
12:30 - 13:00 F-4 - Combining Global and Local Measures for Druggability Predictions.
Andrea Volkamer, University of Hamburg

13:00 - 13:15 Closing Remarks
13:15 - 14:00 Lunch or Box Lunch
13:30 - 14:00 Shuttle busses leave for Schiphol Airport
14:30 - 15:00 Shuttle busses leave for Schiphol Airport
14:00 - 16:00 Workshop: CCG
14:00 - 16:00 Workshop: Accelrys
16:15 Shuttle busses

GDCh nun offzieller InChI Supporter

2011-05-03T12:46:00.000-07:00

Letztes Jahr wurde die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer von Vertretern des InChI-Trust gebeeten, ein offzieller InChI Unterstützer zu werden.
Die Fachgruppe CIC steht ausdrücklich hinter dem nicht-proprietären IUPAC InChI-Standard und möchte dessen Einsatz und dessen Verbreitung in der wissenschaflichen Community fördern. Aus diesem Grund fand vor ca. 2 Wochen ein informelles Gespräch mit dem Geschäftsführer der GDCh, Prof. Wolfram Koch, statt. Im Laufe dieses Gesprächs erklärte sich die GDCh-Geschäftsführung bereit, dass die GDCh selbst als offizieller InChI-Supporter in Aktion treten wird. Die Fachgruppe freut sich über diese Entscheidung, da die Unterstützung durch die GDCh im Ganzen (anstelle einer ihrer Fachgruppen) eine größtmögliche und vor allem gewichterige Förderung erlaubt. Darüberhinaus kann auf diesem Wege eine erheblich höhere Zahl an Wissenschaftlern in Deutschland erreicht und gewonnen werden, als es der Fachgruppe CIC möglich gewesen wäre.

Der IUPAC International Chemical Identifier (InChI) ist ein nicht-proprietärer Identifier für chemische Substanzen, welcher sowohl in gedruckten als auch elektronischen Medien verwendet werden kann, um eine einfache Verknüpfung zwischen verschiedenen Datenrepositories zu erlauben.
Beispiel: Der InChI von Ethanol: InChI=1/C2H6O/c1-2-3/h3H,2H2,1H3
Weitere Beispiele sind auf der InChI Wikipedia-Seite vorhanden.

Weitere Informationen und weiterführende Links zum International Chemical Identifier (InChI) finden sich auf der offziellen IUPAC-Seite. Ein Google-Tech-Talk Video zu InChI ist hier verfügbar.

FIZ CHEMIE Berlin vor dem Aus?

2011-03-25T13:14:00.000-07:00

Stellungnahme der CIC-Fachgruppe der GDCh zu der Empfehlung des Senates der Leibniz-Gemeinschaft bezüglich der Weiterförderung des FIZ CHEMIE Berlin.

Der Vorstand der Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh) hat mit Überraschung die enttäuschende Empfehlung des Senats der Leibniz-Gemeinschaft zur Kenntnis genommen, die Förderung des Fachinformationszentrums Chemie Berlin (FIZ CHEMIE Berlin) zu beenden. Gerade das FIZ CHEMIE ist mit seinen Produkten und seiner kompetenten Präsenz ein Leistungsträger für die Verbreitung der Chemieinformation in Deutschland und darüber hinaus, und die deutsche Chemie kann es sich nicht erlauben, auf diese Kompetenz und die damit verbundenen positive Öffentlichkeitsarbeit zu verzichten.

Seit Bestehen der CIC-Fachgruppe sind ihre Aktivitäten immer vom FIZ CHEMIE Berlin mit Rat und Tat begleitet worden. Der Fachgruppenvorstand würde es sehr bedauern, wenn diese enge Kooperation nicht weitergeführt werden könnte. Kernpunkt dieser engen Verbundenheit ist zum einen das gemeinsame Interesse an einem hohen Standard der Chemieinformation in Deutschland, an deren Aufbau, Pflege und Weiterentwicklung das FIZ CHEMIE aber auch die GDCh maßgeblichen Anteil haben. Die Zusammenarbeit der beiden Organisationen reicht dabei zurück bis in die Anfänge der CIC-Fachgruppe, als Chemie-Datenbanken wie Cheminform und Infotherm geschaffen worden sind, und trägt durch die vorhandenen Synergismen bis heute ihre Früchte, beispielsweise in Form der erst kürzlich institutionalisierten Chemieinformation-Austauschbörse XCITR (eXplore Chemical Information Teaching Resources, erreichbar unter http://www.xcitr.org/). XCITR ist das erste gemeinsame Projekt zwischen der CIC-Fachgruppe der GDCh und der Schwesterorganisation „Division of Chemical Information“ (CINF) der American Chemical Society (ACS) und wäre ohne das FIZ CHEMIE nicht denkbar. Zum anderen haben viele Mitglieder der CIC-Fachgruppe über Jahre Hand in Hand mit dem FIZ CHEMIE an der Erstellung des eLearning Materials gearbeitet, das heute in Form der Produktfamilie Chemgaroo monatlich von über 350.000 Besuchern genutzt wird. Besonders erwähnenswert ist auch die Nachwuchsförderung durch Verleihung des FIZ CHEMIE Preises im Rahmen der jährlichen German Conference on Chemoinformatics der CIC-Fachgruppe.

Der CIC Vorstand würde es sehr begrüßen, wenn die Kompetenz und Einsatzbereitschaft des FIZ CHEMIE Berlin für die Chemie-Community in Deutschland aber auch darüber hinaus erhalten bliebe und durch Ausbau der Stärken des FIZ CHEMIE ggf. fokussiert würde. Die Community der CIC-Fachgruppe kann und wird dabei dem FIZ CHEMIE fachlich zur Seite stehen. Für die anstehenden Veränderungen wünscht der CIC-Vorstand der Leitung des FIZ CHEMIE und allen seinen Mitarbeitern viel Erfolg.

Der Vorstand
der Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC)
der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh)

Freie CIC-Mitgliedschaft für Studenten

2011-01-12T13:37:00.000-08:00

Auf der Mitgliederversammlung der GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer, welche im Rahmen der 6. German Conference on Chemoinformatics in Goslar stattfand, haben sich die anwesenden CIC-Mitglieder auf Vorschlag des Vorstandes einstimmig für die kostenlose Mitgliedschaft von studentischen Mitgliedern in der Fachgruppe ausgesprochen. Der übliche Fachgruppenbeitrag von 10 Euro entfällt somit für studentische GDCh-Mitglieder.

Die Fachgruppe CIC folgt damit dem Beispiel anderer Fachgruppen und der Empfehlung des GDCh-Jungchemikerforums. Die CIC möchte auf diese Weise den Zugang für Studenten zur Arbeit und den Inhalten der Fachgruppe erleichtern und bei dem einen oder anderen das Interesse für die CIC wecken. Außerdem möchte die CIC durch den vereinfachten Zugang auch Studierende auf die durch die CIC vertretenden Themengebiete aufmerksam machen.

GCC2010 - Zusammenfassung

2011-01-12T13:05:00.000-08:00

Vom 7. bis zum 9. November 2010 fand in Goslar die 6. German Conference on Chemoinformatics (GCC2010) statt. Wie auch im Vorjahr waren die Themenschwerpunkte "Chemoinformatics and Drug Discovery", "Computational Material Science and Nanotechnology", "Chemical Information, Patents and Databases" sowie "Molecular Modelling".

Wie auch andere Konferenzen im Life Science-Bereich sah sich die GCC2010 mit den Auswirkungen der Wirtschaftskrise und der angespannten Situation im Pharma-Sektor konfrontiert, was sich in rückläufigen Teilnehmerzahlen bemerkbar machte. Trotz der schwierigen Situation fand sich dennoch eine vergleichsweise hohe Zahl an Teilnehmern in Goslar ein (156 Teilnehmer von 18 Nationen, Abbildung 1).

Abb 1: Teilnehmer der GCC2010 in Goslar.

Trotz der zum Vorjahr kleineren Teilnehmerzahl konnte die Zahl der teilnehmenden Nationen auf 18 gesteigert werden. Diese Tendenz demonstriert, dass sich die Konferenz zu einem international anerkannten Event in der globalen Chemoinformatics und Modelling Community entwickelt hat. Auch das Verhältnis zwischen akademischen und Industrie-Teilnehmern war erfreulich ausgewogen (Abbildung 2).

Abb 2: GCC2010 - Übersicht Teilnehmer.

Traditionell wurde die Konferenz mit einer "Free-Software-Session" am Sonntag nachmittag eröffnet, welche mit der Vorstellung von sechs verschiedenen Software-Projekten einen neuen Rekord in der Konferenzgeschichte aufgestellt hat. Die Konferenzteilnehmer folgten im Großes Saal des Achtermann-Hotels Präsentationen über PostgreSQL (Bayer Business Services), OCHEM (Helmholtz Zentrum München), Knime (Universität Konstanz), Indigo & Ketcher (SciTouch) und MosGrid (MosGrid Konsortium). Parallel hierzu konnten alternativ auch die freien Workshops des "Chemoinformatics Marketplace" besucht werden: a) Chemical Computing Group - "New Features of MOE 2010" und b) BioSolveIT - "Fragment-Based Lead Design in Teams".

Das wissenschaftliche Programm wurde mit einem spannenden und unterhaltsamen Abendvortrag von Colleen Fitzpatrick ("Hand in Snow") eröffnet. Darüberhinaus wurden in den folgende zwei Tagen sechs Plenarvorträge (Wolfgang Guba, Roche, Schweiz; Andrew R. Leach, GSK, UK; Hans Fraaije, Uni Leiden, Niederlande; Jürgen Gmehling, Uni Oldenburg , Germany; Gerhard Klebe, Uni Marburg, Germany; Holger Gohlke, Uni Düsseldorf, Germany), 17 Vorträge und 43 Poster präsentiert.

Ein besonderes Highlight neben dem wissenschaftlichen Programm war die Verleihung der FIZ CHEMIE Berlin Preise und der Gmelin-Beilstein-Denkmünze. Der Preisvergabe und den Preisträgern wurde bereits ein gesonderten Blog-Eintrag gewidmet.

Weitere Bilder der Konferenz sind als Webgalerie auf den Webseiten der GDCh zugänglich: http://www.gdch.de/webgalerien/cic2010/thumb.htm

Die Abstract-Proceedings wurden wie in den vergangenen Jahren im Journal of Cheminformatics veröffentlicht: http://www.jcheminf.com/supplements/3/S1

9. ICCS - Call for Paper

2011-01-12T12:31:00.000-08:00

Vom 5. bis zum 9. Juni 2011 findet in Noordwijkerhout, Niederlande die 9th International Conference on Chemical Structures (ICCS) statt. Die ICCS zählt zu den renommiertesten, internationalen Konferenzen im Bereich der Chemieinformation und der Chemoinformatik und erfreut sich seit Langem bei akademischen und industriellen Forschern großer Beliebtheit.

Die Konferenz wird gemeinsam von der GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) und anderen internationalen Gruppen in einem 3-Jahresturnus organisiert.

Die Fachgruppe möchte darauf hinweisen, dass Beitragseinreichungen noch bis zum 31. Januar 2011 möglich sind. Für folgenden Plenarsessions können Vorträge und Poster eingereicht werden:

following plenary sessions:

Cheminformatics

advances in structure representation
reaction handling and electronic lab notebooks (ELNs)
molecular similarity and diversity
chemical information visualization

Structure-Activity and Structure-Property Prediction

graphical methods for SAR analysis
industrialized and large-scale model building
multi-property prediction and multi-objective optimization

Structure-Based Drug Design and Virtual Screening

new docking and scoring approaches
improved understanding of protein-ligand interactions
pharmacophore definition and search
modeling of challenging targets

Analysis of Large Chemistry Spaces

mining of chemical literature and patents
design, profiling and comparison of compound collections and screening sets
machine learning and knowledge extraction from databases

Integrated Chemical Information

advances in chemogenomics
integration of medical and biological information
semantic technologies as a driver of integration
translational informatics

Dealing with Biological Complexity

analysis and prediction of poly-pharmacology
in-silico analysis of toxicology, drug safety, and adverse events
pathways and biological networks
druggability of targets

Nähere Informationen finden Sie unter der Konferenzhomepage http://www.int-conf-chem-structures.org/

Preise auf der GCC2010

2011-01-12T12:06:00.001-08:00

Die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) zeichnete im Rahmen der 6. German Conference of Chemoinformatics (GCC2010) drei hochkarätige Wissenschaftler in den Bereichen Chemoinformatik, Molecular Modeling und Chemieinformation aus.

Dabei wurde zum einen Prof. Jürgen Gmehling für seine Forschungsarbeiten mit der renomierten Gmelin-Beilstein-Denkmünze der GDCh ausgezeichnet. Zudem würdigte die Fachgruppe die Arbeiten zweier Nachwuchswissenschaftler - Dr. Simone Fulle (Dissertation) und Karen Schomburg (Masterarbeit) - mit dem FIZ-CHEMIE Berlin Awards.

Prof. Jürgen Gmehling von der Carl-von-Ossietzky Universität Oldenburg erhielt die Gmelin-Beilstein-Denkmünze für seine bahnbrechenden und wegweisenden Arbeiten auf dem Gebiet der Stoffdatenbanken und zur Stoffdatenvorhersage (Fragmentmethoden) für die chemische Industrie und Verfahrenstechnik. Seine Methoden und die Ergebnisse seiner Arbeiten werden weltweit sowohl in der akademischen Forschung als auch in der industriellen Praxis intensiv genutzt. Die Laudatio wurde von Prof. Ulfert Onken verlesen und der Preis anschließend durch den Präsidenten der GDCh Prof. Michael Dröscher überreicht.

Zur Erinnerung an Leopold Gmelin, der 1817 erstmals das Handbuch der anorganischen Chemie veröffentlichte, und an Friedrich Beilstein, der 1881/82 das Handbuch der organischen Chemie gründete, hat im Jahre 1954 die Hoechst AG bei der Gesellschaft Deutscher Chemiker die Gmelin-Beilstein-Denkmünze gestiftet. Die Silbermedaille, die mit einer Urkunde und einem Geldbetrag in Höhe von 7500 Euro verbunden ist, wird von der GDCh an in- und ausländische Persönlichkeiten verliehen, die sich besondere Verdienste um die chemische Literatur, um die Chemieinformation oder um die Geschichte der Chemie erworben haben.

Neben der Gmelin-Beilstein-Denkmünze wurden am Montag nachmittag auch die beiden FIZ CHEMIE Berlin-Preise an zwei junge Nachwuchswissenschaftlerinnen überreicht. Der Preis wird für hervorragende Dissertationen und Diplom-/Masterarbeiten vergeben, die die in der GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) vertretenen wissenschaftlichen Gebiete berühren und eine besondere Leistung für die Weiterentwicklung des Fachgebietes CIC darstellen. Der Preis wird einmal im Jahr vergeben und verbindet sich mit einem Preisgeld von 500 € und 250 € (Doktor- bzw. Diplom-/Masterarbeit) sowie einer Urkunde, aus der die Verdienste des Preisträgers hervorgehen.

Der FIZ CHEMIE Berlin-Preis für die beste Doktorarbeit im Zeitraum 2009/2010 wurde an Frau Dr. Simone Fulle aus der Gruppe von Prof. Holger Gohlke, Goethe Universität Frankfurt für ihre Dissertation “Constraint counting on RNA and ribosomal structures: Linking flexibility and function” überreicht.

Der FIZ CHEMIE Berlin-Preis für die beste Master-Arbeit ging an Frau Karen Schomburg aus der Arbeitsgruppe von Matthias Rarey, Universität Hamburg mit dem Titel “Visualization of molecular subgraph pattern using the example of SMARTS pattern”.

Beide Preisträgerinnen präsentierten ihre ausgezeichneten Arbeiten im Anschluß durch Vorträge (http://www.jcheminf.com/content/3/S1/O11, http://www.jcheminf.com/content/3/S1/O12).

Von links nach rechts: Dr. Frank Oellien (GDCh CIC Fachgruppenvorsitzender), Prof. Onken (Laudatio Prof. Gmehling), Karen Schomburg (Preisträgerin FIZ CHEMIE Berlin Preis, Masterarbeit), Prof. Jürgen Gmehling (Preisträger Gmelin-Beilstein-Denkmünze), Dr. Simone Fulle (Preisträgerin FIZ CHEMIE Berlin Preis, Dissertation), Prof. Michael Dröscher (Präsident der GDCh), Prof. René DePlanque (Direktor FIZ CHEMIE Berlin).

GCC2010 via Twitter verfolgen

2010-11-15T13:53:00.000-08:00

Die German Conference on Chemoinformatics wurde erstmalig im Jahr 2009 im Nachrichtendienst Twitter beschrieben. Anthony Williams, ein GCC2009-Sprecher und -Teilnehmer, veröffentlichte interaktiv während der GCC2009 Kommentare zum laufenden Programm unter dem Twitter Hash Tag #goslarcheminf. Auf diese Weise konnten weitere Personen, welche nicht an der GCC teilnahmen, dem Konferenzprogramm folgen und sich untereinander austauschen.

Die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) hat sich daher in diesem Jahr entschieden, die 6. German Conference on Chemoinformatics (GCC2010) auch via Twitter zu übertragen. Wie auch im letzten Jahr wurde dafür der bereits bekannte Hash Tag #goslarcheminf verwendet. Aber auch das Pendant #GCC2010 kam zum Einsatz.

Auf diese Weise wurde jeder Sprecher, der Titel des Vortrages sowie der entsprechende Link zum Abstract via Twitter einer breiteren Masse zur Verfügung gestellt. Soweit möglich wurden nähere Angaben zum Sprecher oder der von ihm vertretenden Institution ebenfalls per Link ergänzt. Auch allgemeinere Informationen zur Konferenz wurden auf diese Weise verbreitet.

Interessierte können die Veröffentlichungen unter http://twitter.com/search/goslarcheminf verfolgen. Ein Ausschnitt der letzten Meldungen kann der nachfolgenden Abbildung entnommen werden:

Die CIC bei LinkedIn

2010-11-15T12:53:00.000-08:00

Die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh) ist seit kurzer Zeit beim sozialen Netzwerk LinkedIn mit einer eigenen Gruppe vertreten. Der Netzwerkservice LinkedIn dient vor allem der Pflege von beruflichen Kontakten und viele internationale und nationale Computational Chemists bzw. Chemoinformatiker nutzen diesen Service bereits zur beruflichen Vernetzung.

Die Fachgruppe CIC hat bereits in der Vergangenheit einige Funktionen von LinkedIn genutzt. So wurden die beiden letzten Fachgruppentagungen GCC2009 und GCC2010 (6. German Conference on Chemoinformatics) in der Event-Sektion von LinkedIn gelistet und beworben. Auf diese Weise konnten andere LinkedIn-Mitglieder auf die internationale Konferenz aufmerksam gemacht werden und ihr Interesse oder ihre Teilnahme an der Konferenz anderen Mitgliedern des Netzwerks mitteilen.

Weiterhin wurde die Gruppenfunktion von LinkedIn genutzt, um beispielsweise Mitgliedern der LinkedIn-Gruppen "Cheminformatics" oder "Computational Chemistry" Ankündigungen zur German Conference on Chemoinformatcs zuzusenden.

Alle CIC-Mitglieder, welche ein LinkedIn-Profil besitzen, sind eingeladen, der Gruppe beizutreten.

XCITR - eXplore Chemical Information Teaching Resources

2010-11-03T13:08:00.000-07:00

In einem gemeinsamen Projekt haben die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh) und die Division of Chemical Information (CINF) der amerikanischen Chemiefachgesellschaft ACS eine internationale Publikationsplattform mit integriertem Bearbeitungs- und Begutachtungssystem konzipiert. Das FIZ CHEMIE Berlin hat das moderne, interaktive Repository XCITR, eXplore Chemical Information Teaching Resources, technisch realisiert und betreibt die Server.

Wissenschaftliches Lehr- und Ausbildungsmaterial zur Chemieinformation kann künftig von Dozenten, Fachautoren und Informationsanbietern auf der internationalen Plattform im Internet veröffentlicht, bearbeitet und begutachtet werden. Mit dem Repository XCITR, einem modernen Softwaresystem für die Speicherung, Bereitstellung, kooperative Begutachtung und Nutzung elektronischer Dokumente, will man erarbeitetes Unterrichtsmaterial der interessierten Fachöffentlichkeit auf der ganzen Welt zur Weiternutzung anbieten.

XCITR ist nicht nur für Dozentinnen und Dozenten sowie für Bibliotheken im Bereich Chemieinformation gedacht. Sie soll auch für Professoren, Lehrer und Ausbilder anderer Fachgebiete mit Bezug zur Chemieinformation eine zuverlässige Quelle hochwertigen Unterrichtsmaterials werden. Um die Qualität der Sammlung zu sichern, werden neu eingestellte Materialien vor der Freischaltung von einem akademischen Redaktionsbeirat (Editorial Board) begutachtet. Bereitgestellte Texte, Folien und Illustrationsmaterial können, sofern der Autor oder Informationsanbieter dies erlaubt, auch weitergegeben oder sogar modifiziert werden. Die Plattform bietet ein Linzenzmodell mit Copyright-Optionen an, die beim Hochladen des Lehrmaterials frei ausgewählt werden können und von einer feingranularen Rechteverwaltung umgesetzt werden. Benutzen kann man XCITR ohne Registrierung, um sich z.B. einen Überblick über vorhandenes Material zu verschaffen. Registrierten Nutzern steht die volle Funktionsfähigkeit der Plattform zur Verfügung. Sie können sich z.B. einen individuellen Workspace einrichten, Dokumente kommentieren, bewerten und an Foren teilnehmen.

Das innovative interaktive System, das die Grundlage für die vielversprechende internationale Bildungskooperation in der Chemieinformation ist, wird auf der 6. German Conference on Chemoinformatics Anfang November in Goslar (7.-9.11.2010) in einem Vortrag und an einem Ausstellungsstand präsentiert.

Im Internet ist die Plattform unter: http://www.xcitr.org/

Alle Interessierten sind eingeladen, sich an dem Projekt aktiv zu beteiligen.

FIZ CHEMIE Berlin Preise 2010

2010-10-22T15:01:00.000-07:00

Ende September tagte der erweiterte Vorstand der Fachgruppe Chemie-Information-Computer in der GDCh-Geschäftsstelle in Frankfurt und wählte aus zahlreichen Einsendungen (Diplom/Master-Arbeiten und Dissertationen) die Preisträger der diesjährigen FIZ CHEMIE Berlin-Preise. Zeit die beiden Preisträger vorzustellen: Das Preis-Komitee entschied einstimmig, die Preise an Karen Schomburg und Dr. Simone Fulle zu vergeben.

Karen Schomburg (im Bild links) aus der Arbeitsgruppe von Prof. Matthias Rarey (Zentrum für Bioinformatik der Universität Hamburg) ist studierte Bioinformatikerin und erhält den Preis für ihre herausragende Masterarbeit "Visualization of molecular subgraph pattern using the example of SMARTS pattern". Frau Schomburg setzt ihre Arbeiten derzeit im Rahmen einer Promotion im Arbeitskreis Rarey fort.

Dr. Simone Fulle (im Bild rechts) aus dem Arbeitskreis von Prof. Holger Gohlke (Heinrich-Heine Universität Düsseldorf) studierte ebenfalls Bioinformatik und wird von der Jury für ihre herausragenden Arbeiten während ihrer Dissertation mit dem Titel "Constraint counting on RNA and ribosomal structures: Linking flexibility and function" ausgezeichnet. Während ihrer Promotionszeit hatte Frau Fulle zwei Forschungsaufenthalte in den USA (bei Prof. Jorgensen, Yale und bei Prof. Thorpe, Tempe) und arbeitet jetzt als Post-Doc in der Arbeitsgruppe von Prof. Gohlke.

Der FIZ CHEMIE Berlin Preis wird vom FIZ CHEMIE Berlin gestiftet und im Rahmen der diesjährigen German Conference on Chemoinformatics (GCC2010) an die beiden Preisträgerinnen vergeben. Im Anschluß an die Preisverleihung werden die Preisträgerinnen ihre Arbeiten den Konferenzteilnehmern in Form eines Vortrages präsentieren.

German Conference on Chemoinformatics 2010 - Agenda

2010-10-05T11:40:00.000-07:00

Vom 7. bis zum 9. November findet in Goslar zum 6. Mal die German Conference on Chemoinformatics statt. Die GDCh-Fachgruppe CIC konnte auch in diesem Jahr wieder namhafte Plenarsprecher (Colleen Fitzpatrick, Wolfgang Guba, Andrew Leach, Jürgen Gmehling, Johannes Fraaije, Gerhard Klebe und Holger Gohlke) für die Sessions Molecular Modelling, Chemoinformatics and Drug Discovery, Computational Material Science and Nanotechnology und Chemical Information, Pantents and Databases gewinnen.

Im Vorfeld der Konferenz findet wieder eine Free-Software-Session sowie der Chemoinformatics Marketplace am Sonntag nachmittag statt. Im Rahmen der Free-Software Session werden dieses Jahr die Open Source-Projekte PostgreSQL (Bayer BBS), OCHEM (Helmholtz Center), Knime (Uni Konstanz), Indigo & Ketcher (Scitouch), sowie MosGrid (Molecular Simulation Grid) genauer vorgestellt. Parallel zur Free-Software Session wird die Firma Chemical Computing Group das Tutorial "New Features of MOE 2010" im Rahmen des Marketplace vorstellen.

Die MosGrid-Initiative lädt zudem im Rahmen der GCC2010 zum ersten MosGrid Community-Treffen ein.

Neben den wissenschaftlichen Beiträgen stellt die Vergabe der Gmelin-Beilstein-Denkmünze sowie der beiden FIZ CHEMIE Berlin-Preise ein besonderes Highlight der Konferenz dar. Prof. Dröscher, Präsident der Gesellschaft Deutscher Chemiker, wird am Montag die Gmelin-Beilstein-Denkmünze an Herrn Prof. Jürgen Gmehling überreichen. Im Anschluß zeichnet die Fachgruppe CIC den wissenschaftlichen Nachwuchs mit dem FIZ CHEMIE Berlin Preis aus: Für die beste Dissertation wird Frau Dr. Simone Fulle aus der Arbeitsgruppe von Prof. Gohlke (Universität Düsseldorf) ausgezeichnet während Frau Karen Schomburg aus der Arbeitsgruppe von Prof. Rarey (Universität Hamburg) den Preis für die beste Diplomarbeit erhält. Alle drei Preisträger werden noch in einem gesonderten Blog-Beitrag genauer vorgestellt.

Das wissenschaftliche Programm der Konferenz kann sowohl als PDF heruntergeladen werden und ist auch inklusive Abstracts online auf der Konferenzhomepage verfügbar.

Die Anmeldung zur GCC2010 ist noch bis zum 9. Oktober 2010 über das Online-Buchungssystem der Konferenz möglich. Desweiteren können auch noch Last-Minute-Poster für die Konferenz eingereicht werden.

Ein Kontingent an verbilligten Hotelzimmern steht ebenfalls bis zum 9. Oktober beim Hotel "Der Achtermann" für die Konferenzteilnehmer zur Verfügung. Zimmerreservierungen müssen direkt beim Hotel vorgenommen werden.

Gmelin-Beilstein-Denkmünze 2010

2010-08-30T11:44:00.001-07:00

Die Gmelin-Beilstein-Denkmünze wird zur Erinnerung an Leopold Gmelin, der 1817 erstmals das Handbuch der anorganischen Chemie veröffentlichte, und an Friedrich Beilstein, der 1881/82 das Handbuch der organischen Chemie gründete an in- und ausländische Persönlichkeiten verliehen, die sich besondere Verdienste um die Geschichte der Chemie, die chemische Literatur oder die Chemie-Information erworben haben.

Dieses Jahr verleiht die GDCh die Silbermünze, die mit einer Urkunde und einem Geldbetrag verbunden ist, an Herrn Prof. Dr. Jürgen Gmehling von der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg. Prof. Gmehling erhält den Preis in Anerkennung seiner bahnbrechenden Arbeiten auf dem Gebiet der Stoffdatenbanken und Gruppenbeitragsmethoden zur Stoffdatenvorhersage für die chemisch/verfahrenstechnische Industrie und in Würdigung der Tatsache, daß seine Arbeiten weltweit intensiv sowohl in der akademischen Forschung als auch in der industriellen Praxis von Nutzen sind.

Der Preis wird im Rahmen der 6. German Conference on Chemoinformatics (GCC2010) am 8. November 2010 durch den Präsidenten der GDCh, Prof. Dr. Michael Dröscher, überreicht. Am 9. November wird Prof. Gmehling einen Plenarvortrag halten, in dem er einen historischen Rückblick auf seine mit dem Preis ausgezeichneten Arbeiten gibt.

GCC 2010 - Call for Paper

2010-07-12T07:17:00.000-07:00

Vom 7 - 9 November 2010 findet die jährliche German Conference on Chemoinformatics (GCC 2010) in Goslar statt. Das wissenschaftliche Program wird dabei wieder zahlreiche Plenarvorträge, Vorträge und Poster umfassen. Die vier Konferenz-Sessions sind Chemoinformatics and Drug Design, Molecular Modeling, Computational Material Science and Nanotechnology, und Chemical Information, Patents and Databases. Abstracts für Vorträge und Poster können seit einigen Tagen über das Online Abstract Submission System der GDCh eingereicht werden. Die Zahl der zugelassenen Postereinreichungen ist auch in diesem Jahr limitiert! Alle Abstracts werden wie im vergangenem Jahr im Journal of Cheminformatics veröffentlicht.

Dem GCC Organisationskomitee ist es auch in diesem Jahr wieder gelungen namenhafte Wissenschaftler für die Plenarvorträge zu gewinnen. Die beiden Plenarvorträge in der Session Molecular Modeling werden von Prof. Gerhard Klebe (Universität Marburg) und Prof. Holger Gohlke (Universität Düsseldorf) gehalten. In der Session Chemoinformatics and Drug Design konnten zwei Industrieverteter - Dr. Wolgang Guba (Roche, Schweiz) und Dr. Andrew R. Leach (GSK, UK) - für die Plenarvorträge gewonnen werden. Den Plenarvortrag der Session Chemical Information, Patents and Databases wird Prof. Jürgen Gmehling (Universität Oldenburg) halten, der während der GCC auch für seine jahrelangen Forschungsarbeiten mit der Gmelin-Beilstein-Denkmünze ausgezeichnet wird. Prof. Hans Fraaije (Universität Leiden, Niederlande) wird den Plenarvortrag der Computational Material Science and Nanotechnology Session halten. Für den einleitenden Abendvortrag wurde Colleen Fitzpatrick von International Identifiers (Huntington Beach, US) eingeladen, die mit Hand in the Snow eine spannenden und unterhaltenden GCC Auftakt verspricht.

Im unmittelbaren Vorfeld der Konferenz wird wieder eine Free-Software Session und ein Chemoinformatics Marketplace stattfinden. Firmen, die am Marketplace interessiert sind und Arbeitsgruppen, die ihre Softwarearbeiten vorstellen möchten, können sich beim GCC Komitee melden. Die Konferenz wird durch eine Ausstellung von diversen Firmen abgerundet. Interessierte Firmen können sich bei Interesse an Frank.Oellien@sp.intervet.com wenden.

Nähere Informationen zur Konferenz können der Konferenzwebseite http://www.gdch.de/gcc2010 und dem Call-For-Paper (PDF) entnommen werden.

Ausschreibung der FIZ CHEMIE Berlin Preise

2010-04-22T06:08:00.000-07:00

Der FIZ CHEMIE Berlin-Preis wird für hervorragende Dissertationen und Diplom-/Master-Arbeiten vergeben, die in den für die GDCh-Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) relevanten Wissenschaftsgebieten erstellt worden sind und die eine besondere Leistung für die Weiterentwicklung der Chemoinformatik darstellen. Die Preisverleihung erfolgt wieder bei der German Conference on Chemoinformatics (GCC2010) in Goslar.

Vorschläge können von den Betreuern/innen der Doktorranden/innen bzw. Diplomanden/innen mit kurzer Begründung bis zum 31. Juli eines jeden Jahres bei der Geschäftsstelle der GDCh eingereicht werden, wenn die Dissertation bzw. Diplomarbeit mit sehr gut bewertet wurde.

Weitere Information ist zu finden unter:
http://www.gdch.de/strukturen/fg/cic/cic_preise/fiz.htm

CIC Tätigkeitsbericht 2009

2010-04-21T13:36:00.000-07:00

Die Tätigkeitsschwerpunkte der Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) lagen auch im Jahr 2009 in der Ausrichtung der „German Conference on Chemoinformatics“ (GCC2009) und in der Fortführung des Kooperationsprojekts zwischen der GDCh-Fachgruppe CIC und dem amerikanischen Pendant, der CINF Fachgruppe der American Chemical Society. Ein weiterer Schwerpunkt der Fachgruppe war 2009 die Verbesserung der Kommunikation mit den eigenen Mitgliedern als auch der externen Kommunikation mit der wissenschaftlichen Community.

Vom 8. bis 10. November 2009 richtete die Fachgruppe zum fünften Mal in Folge in Goslar die internationale „5. German Conference on Chemoinformatics“ aus. Das internationale Symposium adressierte eine breite Palette an modernen Forschungsschwerpunkten aus dem Feld „Computer und Chemie“. Der Fokus lag dabei auf Entwicklungen und Trends in den Feldern Chemoinformatics and Drug Discovery, Chemical Information, Patents and Databases, Molecular Modeling, sowie Computational Material Science and Nanotechnology.

Im Vorfeld der Konferenz fand traditionell am Sonntagnachmittag eine „Free-Software-Session“ statt, in der die drei Open Source-Projekte Bingo, Dingo und OrChem vorgestellt wurden. Parallel dazu wurde der etablierte „Chemoinformatics Marketplace“ veranstaltet, an dem sich die Firma Chemical Computing Group, das Cambridge Crystallograhic Data Center sowie das Helmholtzzentrum München mit Software-Tutorials beteiligten. Das wissenschaftliche Programm wurde durch den Abendvortrag „Systems Chemistry“ von Prof. Günter von Kiedrowski eröffnet. In den folgenden drei Konferenztagen wurden weitere sechs Plenarvorträge (Eberhard Voit/USA, Knut Baumann/DE, Thomas Kostka/DE, Anthony J. Williams/USA, Karl-Heinz Baringhaus/DE, Christoph Sotriffer/DE), 17 Vorträge und 54 Poster dem internationalen Publikum präsentiert.

Die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchs, eine Hauptaufgabe der Fachgruppe, kam die CIC auch 2009 durch die Verleihung der FIZ CHEMIE Berlin Preise nach, welche im Rahmen der GCC2009 für herausragende Diplom- und Doktorarbeiten auf dem Gebiet „Chemie-Information-Computer“ vergeben wurden. Der Preis für die beste Doktorarbeit ging dabei an Dr. José Batista aus der Arbeitsgruppe von Prof. Jürgen Bajorath, Universität Bonn für seine Dissertation „Analysis of Random Fragment Profiles for the Detection of Structure-Activity Relationships“. Der Preis für die beste Diplomarbeit ging Frank Tristram aus der Arbeitsgruppe von Dr. Wolfgang Wenzel, Karlsruher Institut für Technologie mit dem Titel „Modellierung der Hauptkettenbeweglichkeit in der rechnergestützten Medikamentenentwicklung“. Die Konferenz-Proceedings wurden im neuen Open Access „Journal of Cheminformatics“ publiziert, dessen offizieller Start bereits im letzten Tätigkeitsbericht erwähnt wurde.

Das Bestreben der Fachgruppe die internationale Zusammenarbeit und den wissenschaftlichen Austausch zu fördern, zeigt sich nicht nur durch die internationale GCC, sondern kommt auch durch die langjährige Kooperation mit der CINF-Fachgruppe der American Chemical Society zum Ausdruck. Beide Fachgruppen, CIC und CINF, hatten zu Beginn der Kooperation beschlossen, zukünftig die gemeinsamen Interessen auch gemeinsam zu verfolgen und sich gegenseitig bei Ihrer Arbeit zu unterstützen. Schwerpunkt dieser Kooperation ist die Schaffung eines internationalen Depository und Autorensystems für Lehrmaterialien der Chemieinformation. Der im Jahr 2008 etablierte Prototyp wurde im vergangenen Jahr in die produktive XCITR-Plattform (Explore Chemical Information Teaching Resources, http://www.xcitr.org) überführt und offiziell im Rahmen der ACS-Frühjahrstagung 2009 in Salt Lake City freigeschaltet. Des Weiteren erfolgte eine Kurzvorstellung des XCITR-Projekts im Rahmen der 5. German Conference on Chemoinformatics.

Ein besonderes Anliegen der Fachgruppe ist die Verbesserung der Kommunikation mit den Fachgruppenmitgliedern als auch die Kommunikation nach außen. Dieser Punkt wurde in der Mitgliederversammlung 2008 lebhaft diskutiert und im letzten Jahr durch verschiedene Maßnahmen umgesetzt. Eine besondere Bedeutung spielten dabei die modernen Web2.0-Kommunikationstechnologien wie Social Networks, Blogs und Mikroblogs. Als erste Maßnahme hat die CIC einen eigenen deutschsprachigen Blog eröffnet, in dem der Vorstand laufend über Ereignisse und Ankündigungen berichtet. Dieser Blog dient auch als Basis für einen Newsletter, welcher den Fachgruppenmitgliedern 1-2 im Jahr zugeschickt wird. Der Fachgruppenblog ist unter der folgenden URL erreichbar http://cic-fachgruppe.blogspot.com. Neben den Blog benutzt die Fachgruppe auch den Mikroblog Twitter, welcher Kurzmitteilungen an Abonnenten erlaubt. Die Idee für dieses Konzept entstand spontan während der GCC2009: Einige der Konferenzteilnehmer berichteten „live“ mittels Twitter aus den Vorträgen und diskutierten die Inhalte mit internationalen Wissenschaftlern, die nicht an der Konferenz teilnahmen. Kurzinformationen wie beispielsweise die Veröffentlichung der Konferenzproceedings veröffentlicht die CIC unter dem folgenden Twitteraccount http://twitter.com/GDCh_CIC . Schließlich wurden auch die Möglichkeiten von Berufsnetzwerken wie Linkedin (http://www.linkedin.com ) im letzten Jahr verstärkt für die Fachgruppenkommunikation genutzt. So wurde die GCC in den Chemoinformatik- und Molecular Modelling-relevanten Linkedin-Gruppen beworben und auch als eigenständiges Event im Linkedin-Kalender aufgenommen.

Abschließend wird noch angemerkt, dass die Mitgliederzahl der Fachgruppe im letzten Jahr annähernd konstant geblieben ist. Es gab einen leichten Rückgang von 449 auf 444 Mitglieder, wobei 24 Austritten 19 Eintritte gegenüberstanden.

5. GCC - Ein Rückblick

2010-04-21T13:22:00.001-07:00

Die GDCh Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) veranstaltete vom 08. bis 10. November 2009 in Goslar die 5. German Conference on Chemoinformatics (GCC2009). Die Hauptthemengebiete waren hierbei Chemoinformatik und Arzneimittelentwicklung, Chemieinformation, Molekül-Modellierung sowie computergestützte Materialwissenschaften und Nanotechnologie.

Die Konferenz eröffnete traditionell mit einer „Free Software Session“, in der zahlreiche „Open Source“ Projekte aus dem Bereich der Chemoinformatik vorgestellt wurden, sowie einer Software-Ausstellung von verschiedenen Softwareunternehmen. Parallel dazu fand ein „Marktplatz“ statt, auf dem nicht nur die üblichen Ausstellungen über Produkte und Leistungen, sondern auch Schulungen und detaillierte Produktpräsentationen gezeigt wurden. Höhepunkt des ersten Tages war der Abendvortrag „Systems Chemistry: From chemical self-replication to trisoligo-based nanoconstruction“ von Günter von Kiedrowski aus Bochum, in dem er dieses neue, aus der Biologie abgeleitet Feld anschaulich vorstellte. Illustriert wurden die Analyse und Synthese von komplexen Reaktions-Netzwerken mit autokatalytischen Komponenten.

Ein weiterer Höhepunkt der Tagung war neben dem wissenschaftlichen Programm die Verleihung der FIZ CHEMIE Berlin-Preise 2009, mit denen die Fachgruppe CIC am 09. November herausragende Diplom- und Doktorarbeiten auf dem Gebiet Chemie-Information-Computer auszeichnete. Die Preisträger sind die Nachwuchswissenschaftler Dr. José Batista, Informatiker mit Nebenfach Biologie, sowie Frank Tristram seines Zeichens Physiker. José Batista fertigte seine preisgekrönte Dissertation „Analysis of Random Fragment Profiles for the Detection of Structure-Activity Relationships“ bei Prof. Dr. Jürgen Bajorath an der Universität Bonn an. Er entwickelte ein mathematisches Verfahren, mit dem man aus zufällig per Computer erzeugten Fragmenten von Molekülen Informationen über die zugrundeliegende Wirkstoffklasse gewinnt, die man dann zur rechnergestützten Suche nach neuen Arzneimitteln verwenden kann. Frank Tristram hatte seine Diplomarbeit „Modellierung der Hauptkettenbeweglichkeit in der rechnergestützten Medikamentenentwicklung“, bei Dr. Wolfgang Wenzel am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) angefertigt. Tristram ist es gelungen, die räumliche Beweglichkeit der Hauptkette eines Proteins in seiner Wechselwirkung mit angestrebten Rezeptorproteinen in einem mathematischen Modell nachzubilden und den Vorgang dadurch simulierbar zu machen.

Die Abstract-Proceedings der Konferenz werden wieder als Open Access Publikationen veröffentlicht. Im Gegensatz zu den vergangenen Jahren erfolgt die Veröffentlichung aber nicht im Chemistry Central Journal, sondern im Journal of Cheminformatics.

Die Fachgruppe Chemie-Information-Computer mit rund 500 Mitgliedern wurde 1981 gegründet, weil in der Chemie die computergestützte Verwaltung, Archivierung, Analyse, Abfrage und Generierung von Information immer wichtiger wurde. Die Fachgruppe sieht ihre Hauptaufgabe darin, an der Information und Dokumentation sowie an Computeranwendungen in der Chemie interessierte in- und ausländische Wissenschaftler zusammenzubringen, um dieses Wissensgebiet durch regen Gedanken- und Erfahrungsaustausch und Vermittlung neuester Kenntnisse fortzuentwickeln. Dies wurde durch die über 170 internationalen Teilnehmern bestätigt.

Die CIC im Web2.0

2009-11-17T12:00:00.000-08:00

Mit der Eröffnung ihres Blogs hat die Fachgruppe Chemie-Information-Computer bereits Anfang des Jahres erste Schritte unternommen, um die neuen Medien des Web2.0 für die Kommunikation mit ihren Mitgliedern und weiteren Interessierten zu nutzen. Durch diese Vorgehensweise erhofft sich der CIC-Vorstand eine bessere und auch deutlich zeitnahere Kommunikation mit den CIC-Mitgliedern gewährleisten zu können.
Seit der 5. German Conference on Chemoinformatics, welche vor einer Woche in Goslar stattfand, wurde diese neue Form der Kommunikation um einen weiteren innovativen Informationskanal - der Kommunikationsplattform Twitter - erweitert und gestärkt. Die Initiative zur Nutzung von Twitter ging dabei direkt von Teilnehmern der Konferenz aus, die per Laptop und Internetzugang live aus der Konferenz berichteten. Auf diese Weise konnten auch weltweit andere Mitglieder aus der wissenschaftlichen Community an der Konferenz per Internet teilnehmen ohne dazu in Goslar vor Ort zu sein. Der Kommunikationsverlauf kann bei Twitter unter dem HashTag #goslarcheminf eingesehen werden.
Der Vorstand begrüßt diese Initiative und hat bereits damit begonnen, eigene Kommentare zur Konferenz unter dem besagten HashTag zu veröffentlichen. Insbesondere die Veröffentlichung der Konferenzbilder und der Konferenzproceedings werden in Zukunft noch über diesen Kanal angekündigt.
Darüber hinaus hat der Vorstand diesen Fall zum Anlass genommen und einen eigenen Twitter-Account für die Fachgruppe eingerichtet, über den in Zukunft Kurzmeldungen verbreitet werden. Jeder Interessierte mit eigenen Twitteraccount ist herzlich eingeladen, unseren Twitterkanal zu abonieren.
Ausführliche Beiträge und Informationen werden natürlich nach wie vor über diesen Blog den Fachgruppenmitgliedern zugänglich gemacht.

[Information zu Twitter]
Twitter ist nicht mehr nur ein soziales Netzwerk für Privatpersonen, sondern wird zunehmend von Firmen und Organisationen (z.B. die Softwarefirma Accelrys oder auch die ChEMBL-Gruppe am EBI) verwendet, um die Kommunikation mit Kunden und Mitgliedern zu verbessern. Nähere Informationen zu Twitter findet man beispielsweise bei Wikipedia.

5. German Conference on Chemoinformatics

2009-10-02T12:24:00.000-07:00

Vom 8 - 10 November 2009 findet zum fünften Mal in Folge die German Conference on Chemoinformatics (GCC2009) in Goslar statt. Das wissenschaftliche Program der internationalen Tagung umfasst wieder zahlreiche Plenarvorträge, Vorträge und Poster.
Bereits im Vorfeld der Konferenz finden am Sonntag nachmittag von 14 - 17 Uhr eine Free-Software Session sowie der traditionelle Chemoinformatics Market Place statt. Im Rahmen der Free-Software Session werden 3 Applikationen aus dem Open Source Bereich detailliert präsentiert. Parallel dazu veranstalten die Firmen CCDC, Chemical Computing Group und das Hemlholtzzentrum München jeweils einen Workshop um ihre Softwarelösungen vorzustellen.
Die Konferenz startet im Anschluss ab 17 Uhr mit der offiziellen Eröffnung und der Vorstellung der Aussteller. Nach dem Abendessen folgt dann der Abendvortrag von Prof. von Kiedrowski.
Am Montag und Dienstag stehen dann die Vorträge der Sessions "Chemoinformatics and Drug Development", "Computational Material Science and Nanotechnology", "Chemical Information, Patents and Databases" sowie "Molecular Modeling" im Vordergrund". Die Vorträge werden dabei durch eine dreistündige Postersession sowie die Ausstellung vervollständigt.
Im Rahmen der GCC wird am Montag auch der Nachwuchspreis - der FIZ CHEMIE Berlin Preis - für die beste Diplomarbeit und die beste Dissertation auf den durch die Fachgruppe vertretenen Gebiete vergeben.
Das wissenschaftliche Program steht auf der Konferenzwebpage www.gdch.de/gcc2009 sowohl als Online-Version als auch als PDF zur Verfügung.
Bis zum 8. Oktober können sich Interessierte noch für die Konferenz anmelden. Die Fachgruppe möchte an dieser Stelle nochmal darauf hinweisen, dass die Anzahl der Teilnehmer auf 200 begrenzt ist.

FIZ CHEMIE Berlin Preis 2009

2009-09-15T13:46:00.001-07:00

Die Fachgruppe Chemie-Information-Computer (CIC) zeichnet auch dieses Jahr zwei Nachwuchswissenschaftler mit dem FIZ CHEMIE Berlin Preis aus. Der vom FIZ CHEMIE Berlin gestiftete Preis wird jeweils für eine hervoragende Dissertation und Diplomarbeit vergeben, deren Themen eines der in der CIC vertretenen wissenschaftlichen Fachgebiete berühren und eine besondere Leistung für die Weiterentwicklung des Fachgebietes darstellen. In diesem Jahr geht der Preis an Dr. Jose Batista aus der Arbeitsgruppe von Prof. Jürgen Bajorath (Universität Bonn) für seine Dissertation "Analysis of Random Fragment Profiles for the Detection of Structure-Activity Relationships" und an Frank Tristram aus der Arbeitsgruppe von Priv. Doz. Dr. Wolfgag Wenzel (Forschungszentrum Karlsruhe) für seine Diplomarbeit "Modellierung der Hauptkettenbeweglichkeit von Proteinen in der rechnergestützten Medikamentenentwicklung".

Die Preise werden am Montag den 9.11.2009 im Rahmen der 5. German Conference on Chemoinformatics (GCC 2009) in Goslar verliehen. Die beiden Preisträger werden im Anschluß ihre Arbeiten jeweils in Form eines Vortrages vorstellen.

Jose Batista (rechts im Bild) studierte Informatik mit Nebenfach Biologie an der Universität Bonn. 2005 began er seine Dissertation am Lehrstuhl für Life Science Informatik des Bonn-Aachen International Center for Information Technology der Universität Bonn, welche er 2008 mit summa cum laude abschloss. Seit Oktober 2008 ist er Mitarbeiter im 'In-Silico Center for Drug Discovery' der JADO Technologies GmbH in Dresden.

Frank Tristram (links im Bild) studierte Physik an der Universität Karlsruhe und fertigte seine Diplomarbeit in der Biomolecular Structure Group des Instituts für Nanotechnologie des Forschungszentrum Karlsruhe an. Er konnte seine Arbeit im März 2009 mit der Note 'sehr gut' abschliessen. Derzeit arbeitet Tristram ebenfalls in der Arbeitsgruppe von Dr. Wenzel an seiner Dissertation, in der er seine in der Diplomarbeit begonnene Forschung fortführen wird.

Offen und kooperativ - die CIC auf dem Wissenschaftsforum

2009-08-19T08:09:00.000-07:00

Die Fachgruppe „Chemie-Information-Computer (CIC)“ veranstaltet in Frankfurt am Montag den 31.08.2009 im Rahmen des Wissenschaftsforums Chemie 2009 das Symposium „Open Drug Discovery and Open Notebook Science“. Das Symposium soll zeigen, wie medizinische, pharmazeutische und chemische Forschung, die traditionell hinter verschlossenen Türen stattfindet, offen und kooperativ durchführbar ist. Sprecher aus England, Schweden und Deutschland werden in vier englischsprachigen Vorträgen über chemische Biologie und pharmazeutische Wirkstoffforschung auf der Basis offener Daten im akademischen Bereich berichten. Zudem werden sie zeigen, wie in chemischen Laboren Web-basierte Techniken die gesamte Versuchsdokumentation – Laborbücher, Primärdaten – offenlegen können. Diese Vorgehensweise hat unter dem Namen „Open Notebook Science“ mit dem Slogan „No Insider Information“ einiges Interesse geweckt: Bei breiter Adaption durch die wissenschaftliche Gemeinde löst sie z. B. das Problem der (Nicht-)Veröffentlichung dunkler Daten, also misslungener Experimente oder nicht publizierter Ergebnisse.

Programmdetails:

10:30-10:50, Neylon, C., Didcot/GB
Science in the open: The experience of using an open notebook approach to recording my science
10:50-11:10, Willighagen, E., Wageningen/NL
Open Knowledge: Reproducibility in Cheminformatics with Open Data, Open Source and Open Standards
11:30-11:50, Overington, J. P., Cambridge/GB
ChEMBL: Open Access data for drug discovery
12.10-12:30, von Kries, J. P., Berlin/D
Academic Open Access HTS platforms (ChemBioNet)

4. German Conference on Chemoinformatics - Nachlese

2009-08-11T12:52:00.000-07:00

Vom 9 bis 11 November fand in Goslar die 4. German Conference on Chemoinformatics (GCC) statt. Seit Juni 2009 stehen nun allen Interessierten die Abstracts und Bilder der Konferenz zur Verfügung.
Die Abstracts aller Poster und Vorträge wurden wie im Vorjahr als Open Access-Publikationen im Chemistry Central Journal veröffentlicht (Volume 3 Suppl 1). Das wissenschaftliche Programm (PDF) ist weiterhin über die GCC-Tagungshomepage zugänglich. Die CIC wird die Abstracts der kommenden GCCs ebenfalls im Chemistry Central Journal veröffentlichen und ab der 5. GCC zudem eine Indexierung der Abstracts bei CAS anstreben.

Die Fotogalerien der Konferenz können im Veranstaltungsordner der CIC-Homepage unter GCC2008 eingesehen werden. Neben Galerien für die einzelnen Konferenztage (Sonntag, Montag, Dienstag) gibt es auch eine gesonderte Galerie von der FIZ CHEMIE Berlin 2008-Preisverleihung.

CIC-CINF-Kooperation

2009-02-24T08:43:00.000-08:00

Die beiden jährlichen landesweiten Treffen der American Chemical Society sind feste Termine im Kalender vieler Forscher aus Chemieinformatik und Computerchemie. Dort trafen sich schon lange auf Mitglieder der Fachgruppe CIC und ihrer amerikanischen Schwesterfachgruppe CINF (Chemical Information) der American Chemical Society. Angeregt von René Deplanque, Direktor des FIZ Chemie, und Günter Grete, 1998 Chairman der CINF, wurde die CIC-CINF-Kooperation 2005 durch eine Vereinbarung zu regelmäßigen Treffen und gemeinsamen Projekten instutionalisiert. Das erste gemeinsame Projekt zu Thema "Collaborative authoring, management, publishing and archival of teaching material in Chemistry and Chemical Information" wird beim ersten diesjährigen Treffen in Salt Lake City in eine entscheidende Phase treten.
Ist der Prototyp online, wird sich zeigen, ob das Konzept eines durch die Lehrenden selbst gepflegten Repositoriums für Lehr- und Lernmaterialien erfolgreich ist. Der Erfolg hängt hierbei von vielen Faktoren ab, wie der Größe der Comunity, dem richtigen Stallgeruch, etc.

Chemie in der Bloggosphäre

2009-02-20T09:21:00.000-08:00

Um in Analogie zu Douglas Adams zu reden: "Die Blogosphäre ist groß. Du kannst Dir nicht vorstellen, wie groß, gigantisch, wahnsinnig riesenhaft die Blogospäre ist". Ein erstaunlich großer Teil dieser riesenhaften Blogosphäre wird von Wissenschaflern bevölkert, die über Wissenschaft und alles mögliche andere, im Besonderen aber auch über Chemie schreiben.
Wie findet man in dieser Blogosphäre als Chemiker Blogs, die einen interessieren könnten?
Eine der Möglichkeiten ist der "Chemical Blogspace". Begonnen in meiner Arbeitsgruppe in Köln für dieser Blog-Aggregator jetzt unter der Leitung von Egon Willighagen ein gesundes und erfolgreiches Eigenleben.

"Powered by Postgenomics" bietet der Chemical Blogspace eine Menge mehr als nur Blog-Aggregation, aber darauf möchte ich hier zum Wohle der Kürze nicht eingehen. Ein guter Einstieg ist das Durchblättern der als sehr aktive gelisteten Blogs auf der Titelseite des Chemical Blogspace. Von dort kann man über die jedem Blog zuordnete Tag-Cloud andere Blogs mit ähnlichen Themen finden.
Wer sich für Chemieinformatik interessiert, wird zum Beispiel unter dem Stichwort "Blue Obelisk" fündig. Ist ja intuitiv klar, oder? :-)

Die Fachgruppe bloggt

2009-02-20T05:41:00.000-08:00

Die Fachgruppe CIC (Chemie-Information-Computer) ist Teil der Gesellschaft Deutscher Chemiker (GDCh). Die Fachgruppe sieht ihre Hauptaufgabe in der Zusammenfassung aller an der Information und Dokumentation sowie in Computeranwendungen in der Chemie interessierten in- und auch ausländischen Wissenschaftler zum Zwecke der Förderung dieses Wissensgebietes durch Pflege des Gedanken- und Erfahrungsaustausches und Vermittlung fachlicher Anregungen. Dies geschieht durch verschiedene in der Satzung festgelegte Mittel, vor allem aber durch die jährlich abgehaltene mehrtägige German Conference on Chemoinformatics (die früheren CIC-Workshops).

Der Vorstand der CIC möchte die Kommunikation mit den Mitgliedern intensivieren. Wir haben die verschiedenen Optionen durchdacht und uns gegen einen Newsletter (weder gedruckt noch PDF) entschieden. Eine moderne und elegante Lösung ist ein Blog. Niemand, der nicht möchte, wird mit Informationen belästigt, und die, die es interessiert, können ihren Email-Browser oder ihren Lieblings-Feed-Reader verwenden, um den cic-blog zu abonnieren.

Natürlich ist dieser Blog keine exklusive Geschichte für den Vorstand - es wäre toll, wenn die Mitglieder sich hier beim Bloggen beteiligen würden. Wenn etwas atmosphärisch zum Themenkreis Chemie-Information-Computer passt, dann gehört es hier hin. Was man zu bloggen hier braucht ist ein google mail account und eine Nachricht an mich.

Also dann, auf fröhliches Bloggen ...